Na lotnisku Kraków-Balice obsługiwane są zarówno linie regularne, jak i czarterowe. Wśród linii regularnych, które obsługują loty na lotnisku Kraków-Balice są m.in.:

• LOT Polish Airlines
• Lufthansa
• Ryanair
• Wizz Air
• Air France
• KLM Royal Dutch Airlines
• British Airways
• Finnair
• Turkish Airlines
• Austrian Airlines
• Emirates
• Qatar Airways

Loty czarterowe obsługiwane są przez takie linie jak Enter Air, TUI, Corendon Airlines, Travel Service i inne. Lista ta może ulec zmianie w zależności od sezonu i bieżących umów między lotniskiem a liniami lotniczymi.