Na lotnisku Kraków-Balice obsługiwane są zarówno linie regularne, jak i czarterowe. Wśród linii regularnych, które obsługują loty na lotnisku Kraków-Balice są m.in.:
- LOT Polish Airlines
- Lufthansa
- Ryanair
- Wizz Air
- Air France
- KLM Royal Dutch Airlines
- British Airways
- Finnair
- Turkish Airlines
- Austrian Airlines
- Emirates
- Qatar Airways
Loty czarterowe obsługiwane są przez takie linie jak Enter Air, TUI, Corendon Airlines, Travel Service i inne. Lista ta może ulec zmianie w zależności od sezonu i bieżących umów między lotniskiem a liniami lotniczymi.